Bagaimana membaca hasil RT PCR?

Pendahuluan
Real time PCR atau disebut sebagai quantitative PCR atau q-PCR merupakan suatu metode yang sebenarnya sederhana dan cukup elegan dalam menentukan jumlah target sekuens atau gen yang deteksi dalam sampel. Tetapi hati-hati justru karena simpel jangan sampai kita salah dan berlebihan dalam mengartikan atau membaca hasilnya.


RT PCR berbeda dengan PCR biasa, dimana pada RT PCR, produk gen yang diamplifikasi di monitor jumlahnya secara "real time" berdasarkan waktu, atau suatu titik tertentu pada garis waktu. Makin awal atau makin cepat  jumlah kopi target gen tertentu maka akan makin awal pula fluoresensi yang terobservasi atau termonitor. Bedanya pada PCR biasa jumlah produk amplifikasi hanya dihitung pada saat selesai atau pada titik waktu terakhir.

Zat kimia untuk mendeteksi sekuens atau urutan basa RNA
Ada dua jenis zat kimia untuk deteksi produk PCR:
1. fluorogenic 5' nuclease sering pada produk komersil disebut sebagai TaqMan
2. zat pewarna Sybr green

TaqMan dapat dipakai pada beberapa tipe penghitungan sekuens basa:
- One step RT PCR untuk menghitung RNA
- Two step RT PCR untuk menghitung RNA
- Penghitungan DNA/ cDNA dengan metode: diskriminasi allelic atau Plus/Minus mempergunakan IPC

-- bersambung  besok --

Oksidasi Biologi

Apa itu oksidasi biologi?

Oksidasi biologi pada prinsipnya adalah peristiwa yang terjadi atas dasar  dua mekanisme yaitu oksidasi dan reduksi. Dimana oksidasi merupakan pengeluaran elektron dan sebaliknya reduksi adalah menerima elektron. Setiap oksidasi akan disertai reduksi. Prinsip ini berlaku bagi sistem biokimia secara umum.

Meskipun  "oksidasi" mempunyai arti sebagai suatu proses yang didalamnya terdapat peran serta oksigen. Namun pada  proses oksidasi belum tentu  terdapat keterlibatan molekul oksigen, misalnya oksidasi yang terjadi dengan bantuan enzim dehidrogenase. 

Kehidupan hewan tingkat tinggi bergantung pada pasokan oksigen untuk respirasi, yaitu proses sel memperoleh ebergi dalam bentuk ATP dari reaksi terkendali hidrogen dengan oksigen untuk membentuk air.

Perubahan energi bebas akibat reaksi oksidasi-reduksi setara dengan kecenderungan reaktan mendonasikan atau menerima elektron. Perubahan ini disimbolkan sebagai "Delta G0". Secara numerik dapat juga dinyatakan sebagai potensial redoks, misalnya potensial elektroda hidrogen sebesar -0,42. Potensial elektroda diukur biasanya pada ph 7,0.

Pada proses oksidasi atau oksidasi-reduksi terdapat enzim yang sangat berperan yaitu enzim oksidoreduktase. Enzim ini diklasifikasikan menjadi empat kelompok, yaitu (1) Oksidase (2) dehidrogenase (3) hidroperoksidase (4) oksigenase.

Berikutnya akan dibahas berdasarkan cara kerja ke-4 klasifikasi enzim di atas.